大学寮の学生は原則として寮内にあった寄宿舎である直曹(じきそう)に寄宿していた(なお、
学令に学生の直曹寄宿の義務規定はないものの、学生生活に関する規定が存在しており、学生生活を大学寮が管理する方針が存在したと考えられており、後述の
貞観式の規定に至る)。しかし平安時代になって、
文章博士として代々世襲を続けた
菅原氏が直曹である
文章院を創建した(既存のものを拡充したとする見方もある)。その後、文章博士の地位が向上し、なおかつ菅原氏の文章博士の世襲が進むと、文章院及びそこに寄宿する学生に対する菅原氏の支配が強まることとなった。これに反発した有力氏族が相次いで寮の外に一族用の寄宿舎を建設した。このため、大学(寮)直曹である文章院に対して
大学別曹と呼んだ。当初、朝廷はこれを学生を公平に扱う上で不都合と考えて、
貞観式(大学寮)において「およそ寮家に住せざるものは貢挙するを得ざれ」の一文を設けている。これに対して
藤原良房ら
藤原氏が巻き返しを図った結果、藤原氏の勧学院は大学別曹として朝廷の認可を受けたと考えられている。
大学別曹はあくまで寄宿舎であり、自習場所や書庫などが設置されていたものの、大学寮の学生であること(あるいはその入学準備者)が寄宿の要件であり、試験や講義は全て大学に通って受けることとなっていた。後世、大学別曹を「私立学校」とする見解(
重野安譯「本邦古来教育ノ大概」など)が出されたが、大学別曹に専門の教員が置かれて講義がなされたという記録はなく
[大学別曹内において、得業生などの年長者が年下の寄宿者の勉学をみるといった事は想定しうるが、現代の学生寮でも同様の事が行われることはあり得ることであり、これをもって私立学校と呼ぶことは不可能である。]、また当時において私立学校に相当するものは、大学寮の教員や著名な学者が教員の自宅で講義を行った一種の「私塾」であったと想定できる(例:菅原氏の
菅家廊下)ために、この見解は成り立たない。
